En vägfärja opererar på sjösträckorna av vägen. Färjorna är gula och seglar korta sträckor mellan öarna. Den längsta färjeturen tar cirka 30 minuter och går mellan Korpo och Houtskär. Alla gula färjor är gratis. Alla färjor längs Skärgårdsvägen, förutom Houtskär-Iniö-färjan, är gula och gratis och behöver inte bokas i förväg på dagen.

Det finns också förbindelsebåtar som betjänar många olika öar längs olika rutter och har sina egna tidtabeller. Vissa av dessa rutter är korta och tar cirka en timme, medan de längsta rutten tar hela dagen. Till exempel kan du ta en förbindelsebåt till Själö, Brännskär, Utö och Kökar. Även dessa är gratis.
